正確的做法是通過“應交稅金——增值稅檢查調整”科目處理，並與稅務管理員溝通說明情況。會計處理如下:
1.補充紅字發票
借方:應收賬款(或銀行存款)(紅字金額)
貸款:主營業務收入(或產品銷售收入)(紅字金額)
貸:應交稅金…應交增值稅…銷項稅額(紅字金額)
2 .將紅字“銷項稅額”記入自查調整。
借方:應交稅金…應交增值稅…銷項稅額(紅字金額)
貸:應交稅金…增值稅支票調整(紅字金額)
3.把這個負的銷項稅變成未付的增值稅。
借:應付稅款...增值稅支票調整(紅字金額)
貸項:應付稅款...未繳增值稅(紅字金額)
然後等這個月的增值稅計算，看到結果再做相應的賬務處理。