不能認證專用發票抵扣的，可以使用專用發票，由稅務機關認證；納稅人丟失丟失前已開具且未認證的專用發票的發票聯和抵扣聯的，由買方持賣方提供的相應專用發票記賬聯復印件到稅務機關認證。
通過擴大數據取得增值稅專用發票的壹方，持發票抵扣聯與主管稅務機關聯系，在稅務機關的掃描儀上掃描，計算機讀取票面密文，與票面七項數據進行比對。比對壹致後，數據將傳輸至中國國家稅務總局增值稅發票比對系統數據庫。
這些數據將在那裏等待90天，等待賣方復制納稅申報數據並與之進行比較。如果比較壹致，則通過；不壹致或沒有可比較的對應發票數據對，信息將自動轉移到失敗的數據庫。稅務稽查人員根據調取的已認證發票上的信息，查找開具和取得發票的當事人，核實原因，做出相應處罰。
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