1、性質不同
2、征收稅種不同.
國家稅務局系統由國家稅務總局垂直領導;省級地方稅務局受省級人民政府和國家稅務總局雙重領導，省級以下地方稅務局系統由省級地方稅務機關垂直領導。因此，國家稅務局系統和地方稅務局系統分屬國家不同的職能部門，壹般是分開辦公的。國稅和地稅還是存在著很多的區別，主要是在稅務機關上不同。國稅是國家稅務總局垂直領導，地稅是由地方政府政府和國家稅務總局雙重領導，大家壹定要對這點有區別，並且兩者之間的征收管理分工劃分也不壹樣。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第二十八條 稅務機關依照法律、行政法規的規定征收稅款，不得違反法律、行政法規的規定開征、停征、多征、少征、提前征收、延緩征收或者攤派稅款。農業稅應納稅額按照法律、行政法規的規定核定。
第二十九條 除稅務機關、稅務人員以及經稅務機關依照法律、行政法規委托的單位和人員外，任何單位和個人不得進行稅款征收活動。
第三十條 扣繳義務人依照法律、行政法規的規定履行代扣、代收稅款的義務。對法律、行政法規沒有規定負有代扣、代收稅款義務的單位和個人，稅務機關不得要求其履行代扣、代收稅款義務。扣繳義務人依法履行代扣、代收稅款義務時，納稅人不得拒絕。納稅人拒絕的，扣繳義務人應當及時報告稅務機關處理。稅務機關按照規定付給扣繳義務人代扣、代收手續費。