1，納稅方式不同:定期定額征收由納稅人先申報，再由稅務機關核定，查賬征收由稅務機關根據納稅人的財務報表和納稅申報表核定。
2.適用範圍不同:定期定額征收用於生產經營規模較小，確實沒有建賬能力的小納稅人。經主管稅務機關審核批準，可以不設賬簿或暫緩建賬，查賬征收則用於賬簿、憑證和財務會計制度健全，能夠核算、反映生產經營成果，正確計算納稅額的納稅人。