東莞市社保局是市人民政府主管社會保障行政事務的職能部門，設13職能處(室):辦公室、人事處、社會保險政策研究室、法制處、養老保險處、失業保險處、醫療保險處、工傷保險處、退休人員社會化管理服務部、市勞動能力鑒定委員會辦公室、信訪處、基金監管處、監察支隊。還有紀委的紀檢組(監察室)。
社會保險基金管理中心是社保局直屬事業單位，是副處級事業單位。設有11功能板塊:養老失業待遇、醫療工傷待遇、保險關系、社區及定點醫療機構管理、基層管理、計劃財務、信息、審計、宣傳咨詢服務、檔案管理、社保卡管理。