首先分公司要先去銀行開立壹個扣稅賬戶，然後去稅所對該賬戶進行備案，只要分公司有在網上進行申報，稅務機關就會到期在網上自動對分公司的應繳稅務進行扣款。公司設立分公司的，應當自決定作出之日起30日內向分公司所在地的公司登記機關申請報稅登記。
個人所得稅申報流程是：
1、登錄電子申報系統，進入電子申報系統，點擊左上的“申報繳納”；
2、點擊“個人所得稅明細申報”，點擊“申報”進入個人所得稅申報頁面；
3、碧鍵知填寫所有資料悔消，點擊“檢驗及計稅”按鈕，然後點擊“繳稅”按鈕，個人所得稅申報完成。
綜上所述，首先分公司要先去銀行開立壹個扣稅賬戶，然後去稅所對該賬戶進行備案，只要分公司有在網上進行申報，稅務機關就會到期在網上自動對分公司的應繳稅務進行扣款。
法律依據：
《公司法》 第十四條
公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。 公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。