納稅人通過增值稅發票稅控系統開具發票時，系統會自動對發票上的發票日期、發票號、發票代碼、買方納稅人識別號、賣方納稅人識別號、金額、稅額等要素進行加密，形成防偽電子密文打印在發票上。
認證時，稅務機關使用掃描儀采集發票上的密文和明文圖像，或者納稅人自行采集發票的電子信息並發送給稅務機關。密文通過認證系統解密還原，然後與發票明文進行比對。如果比較壹致，則通過認證。
擴展數據:
納稅人增值稅專用發票抵扣必須同時滿足以下限制性條件。不符合上述任何壹項條件的，不得作為合法的增值稅抵扣憑證，也不得計算增值稅進項稅額抵扣。
1.采購企業必須屬於增值稅壹般納稅人；
2.必須取得合法的扣稅憑證；
3.業務必須真正發生；
4、必須在規定時間內認證和申報；
5.扣除額必須依法正確合理計算。
百度百科-增值稅專用發票
百度百科-增值稅專用發票使用規定