發票缺聯不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證，由管理部門按照審核檢查的有關規定進行核查，並按有關規定進行處理。
1、根據《國家稅務總局關於金稅工程增值稅征管信息系統發現的涉嫌違規增值稅專用發票處理問題的通知 》國稅函〔2006〕969號第二條規定： ?目前，增值稅專用發票稽核系統發現涉嫌違規發票分“比對不符”、“缺聯”和“作廢”等類型。
2、經稅務機關檢查確認屬於稅務機關責任以及技術性錯誤造成的，允許作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；不屬於稅務機關責任以及技術性錯誤造成的，不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。屬於稅務機關責任的，由稅務機關誤操作的相關部門核實後，區縣級稅務機關出具書面證明；屬於技術性錯誤的，由稅務機關技術主管部門核實後，區縣級稅務機關出具書面證明。