土地增值稅的計算方法如下:土地增值稅=增值額×適用稅率=(所得稅法允許扣除)×適用稅率。1.納稅人轉讓不動產的收入包括貨幣收入、實物收入和其他收入。2.計算增值額的扣除項目包括:(1)取得土地使用權支付的款項；(二)土地開發的成本和費用；(三)新建房屋及配套設施的成本、費用，或者舊房屋、建築物的評估價格；(四)與房地產轉讓有關的稅收；(五)財政部規定的其他扣除項目。
法律客觀性:
土地增值稅清算驗證業務指引第四十條稅務代理機構應當根據稅收法規，審核清算項目的收入總額，扣除項目金額，確認其增值額和適用稅率，正確計算應納稅額。審核程序通常包括:(1)審核清算項目的總收入是否符合稅收規定，計算是否正確。(二)審查清算項目的扣除額和增值額是否符合稅收規定，計算是否正確。1.如果企業有多個開發項目，檢查收入與扣除的項目金額是否屬於同壹項目；2.同壹項目中既有普通住宅又有非普通住宅的，檢查收入額和項目扣除額是否分別核算；3 .對於同壹清算項目，免稅壹段時間，納稅壹段時間，要特別註意收入的實現時間和扣除項目的比例。(三)審查增值額與抵扣項目的比例計算是否正確，確認土地增值稅適用稅率。(四)審核確認清算項目當期應繳納的土地增值稅及應繳納或應退還的金額。