其實，既然是非獨立核算分支機構，企業所得稅由總機構匯總繳納，那麽就不用每月零申報企業所得稅了，妳零申報的肯定沒有企業所得稅，只有營業稅、城建稅、教育附加等等對吧。既然讓妳申報，妳是零申報還是有稅款那是妳的事，不能說成人家稅局讓妳零申報的，也不能說人家批了妳們零申報就沒妳們的事了。現在妳要註銷，按規定肯定要查壹下妳有沒有欠稅，看到妳有應稅收入，讓妳補稅就很正常了。
應該可以向總公司的稅局申請退稅的，因為妳們的納稅地點弄錯了。不過我估計會采用抵繳欠稅的辦法，比較省事簡便。分公司的營業稅還是得在分公司交。
其實當地稅局也有錯誤，沒向妳說清楚，沒有及時發現妳們不正常的零申報。不過只聽妳說，不能確定，也可能人家說的是對的，妳理解錯了呢？反正按稅法執行就沒錯了。