分公司繳納增值稅有兩種情況，具體如下：
《中華人民***和國增值稅暫行條例》第二十二條規定，固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同壹縣市的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅；經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。
因此分公司若辦理了稅務登記則其為獨立的增值稅納稅人,應單獨申報繳納增值稅。若經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，未辦理稅務登記，則由總機構匯總繳納增值稅。