分支機構可以有單獨的賬戶。分支機構通常是非法人實體。根據管理需要，他們可以單獨設立賬戶或單獨進行經濟往來。總公司可以按規定管理賬戶，也可以通過行政要求要求分公司賬戶不得提取現金。分公司是分支機構，在法律和經濟上沒有獨立性，只是總公司的附屬機構。而且分公司沒有自己的名稱、章程和財產，以總公司的資產對分公司的債務承擔法律責任。設立公司，必須依法制定公司章程。本章程對公司、股東、董事、監事和高級管理人員具有約束力。分支機構之間的主要區別在於稅收:
1，非獨立核算，不能單獨開立基本存款賬戶，不能單獨領取發票，可以在總公司單獨設立賬戶，統壹納稅；
2、獨立核算，可以單獨開立基本存款賬戶，可以單獨領取發票也可以單獨納稅。
法律依據:《中華人民共和國公司法》第十四條。
公司可以設立分公司。設立分公司應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。
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