2.需要根據不同的公司建立相應的套賬。
3.總公司以分公司名義開具的發票涉及面廣，也是稅務籌劃的問題。首先要考慮分支機構是否有相應的業務範圍；第二，稅收要規劃好。
壹般納稅人和小規模納稅人的操作程序不同。雖然國家設計的總體稅率可能差不多，但企業稅收籌劃的好壞與稅率低有關。
不知道妳們總公司是什麽樣的公司，主營業務是營業稅還是增值稅。如果是增值稅，要估算小規模和壹般納稅人狀態下的增值稅及相關附加稅負，還要考慮企業所得稅的稅負。如果總公司銷售的稅負較高，分公司對總公司的業務開票也要考慮收入與成本的匹配，必須做到產出與投入的匹配同步，以達到降低稅負的目的。
由於具體情況不明，不便考慮相關問題。以上僅供參考。