福建省地稅系統組建於1994年7月，實行省以下垂直管理，下轄9個設區市局、1所稅務學校，84個縣、市、區局（含9個未分設縣）、34個設區市局直屬分局、稽查局、外稅分局、征收分局、開發區分局，523個副科級稅務分局、167個稅務所。
省局內設13個職能處室（含機關黨委、監察室）、4個直屬行政單位、3個直屬事業單位。