稅務機關稅務檢查的基本程序如下:
案件選擇:根據來源信息決定是否立案。
稽核:稅捐稽核報表的結果。確需延長檢驗時間的，必須經檢驗局局長批準。
審理:檢查結束後，檢查部門應在5個工作日內將稅務檢查報告、稅務檢查工作底稿及相關證據材料移交司法部門，並辦理交接手續。
審查部門收到檢查部門移交的稅務檢查報告及相關資料後，應在15日內提出審查意見。但不包括以下時間:
(1)檢查員進行補充調查的時間；
(2)有時間就政策問題向上級或有關部門請示。
案情復雜，確需延長審理期限的，經監察局局長批準，可以適當延長。
法律依據:《中華人民共和國稅收征收管理法》第十壹條稅收征收、管理、稽查和行政復議人員職責明確，相互分離，相互制約。