國家級高新技術企業由科技部、財政部和稅務局組成的國家高新技術企業認定和管理領導小組認定。國家高新技術企業認定管理領導小組辦公室設在科技部火炬高技術產業開發中心，由科技部、財政部、國家稅務總局相關人員組成，負責處理日常工作。高新技術企業是指在中國境內(不含港澳臺)註冊的，持續進行技術成果研發和轉化，形成企業核心自主知識產權，並在此基礎上開展經營國家腐敗活動的居民企業。《高新技術企業認定管理辦法》第五條規定，科技部、財政部、國家稅務總局負責全國高新技術企業認定工作的指導、管理和監督。第六條規定科技部、財政部、國家稅務總局組成國家高新技術企業認定管理領導小組(以下簡稱“領導小組”)，主要職責是: (壹)確定全國高新技術企業認定管理方向，審議高新技術企業認定管理報告；(二)協調解決認證管理及相關政策實施中的重大問題；(三)裁決高新技術企業管理中的重大爭議，監督檢查各地區認定管理工作，指導發現問題的整改。
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