個人承包工程合同開票應由納稅人到建築項目所在地主管地稅機關辦稅服務大廳領取並填寫發票申請表，提供身份證件、稅務登記證（副本）、建築工程合同等材料，繳納相應的稅款，資料完整手續齊全的由稅務機關當場辦結。
法律客觀：《中華人民***和國發票管理辦法》
第四條
國務院稅務主管部門統壹負責全國的發票管理工作。省、自治區、直轄市國家稅務局和地方稅務局（以下統稱省、自治區、直轄市稅務機關）依據各自的職責，***同做好本行政區域內的發票管理工作。財政、審計、工商行政管理、公安等有關部門在各自的職責範圍內，配合稅務機關做好發票管理工作。
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第二十壹條
稅務機關是發票的主管機關，負責發票印制、領購、開具、取得、保管、繳銷的管理和監督。單位、個人在購銷商品、提供或者接受經營服務以及從事其他經營活動中，應當按照規定開具、使用、取得發票。發票的管理辦法由國務院規定。