根據《國家稅務總局關於發布企業資產損失稅前扣除管理辦法的公告》(國家稅務總局公告201125號)第二十七條規定，報廢、毀損、變質存貨的計稅成本扣除殘值和責任人賠償後的余額，應當根據以下證據材料予以確認:
(壹)確定存貨應稅成本的依據；
(二)企業內部有關存貨報廢、毀損、變質、殘值和核銷信息；
(三)涉及責任人賠償的，應當有賠償情況的說明；
(4)損失金額較大(指占企業該類資產應納稅成本65，438+00%以上，或減少當年應納稅所得額增加損失65，438+00%以上)的，應有專業技術鑒定意見或具有法定資質的中介機構出具的專項報告。
因此，企業因自然災害報廢存貨，應根據上述文件提供相關資料，以專項申報的形式向稅務機關申報扣除。