答：根據國稅函（2009）285號文《國家稅務總局關於加強股權轉讓所得征收個人所得稅管理的通知》的第三條規定，“個人股東股權轉讓所得個人所得稅以發生股權變更企業所在地地稅機關為主管稅務機關。納稅人或扣繳義務人應到主管稅務機關辦理納稅申報和稅款入庫手續。主管稅務機關應按照《個人所得稅法》和《稅收征收管理法》的規定，獲取個人股權轉讓信息，對股權轉讓涉稅事項進行管理、評估和檢查，並對其中涉及的稅收違法行為依法進行處罰。”據此，該筆股權轉讓所得的個人所得稅應在發生股權變更的企業所在地，即南通繳納個人所得稅。
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