壹種方式是納稅人自行向主管稅務機關申報繳納車船稅；
另壹種方式是納稅人在辦理機動車交通事故責任強制保險時，由保險機構代收代繳車船稅。
自行向主管稅務機關申報繳納車船稅的納稅人，應當在車船註冊地納稅；依法不需要登記的車船，納稅地點為車船所有人或者管理人所在地。車船稅由保險機構代收代繳的，納稅地點為保險機構所在地。
因從事機動車交通事故責任強制保險業務的保險機構為機動車車船稅的扣繳義務人，納稅人在辦理機動車交通事故責任強制保險業務時，應壹並繳納車船稅；已自行申報繳納車船稅的，應提供機動車完稅證明。
納稅人辦理機動車登記和定期檢驗手續時，公安機關交通管理部門將檢查車船稅繳納情況，未依法提供完稅或者免稅證明的，不予辦理相關手續。
車船稅按年申報，按月計算，壹次性繳納。申報納稅的具體期限由各省、自治區、直轄市人民政府規定。
車船稅納稅義務發生在取得車船所有權或者經營權的當月，以購買車船的發票或者其他證明文件中的日期為準。2012新購置的車船，從納稅義務發生的當月起，按月計算購置年度應納稅額。應納稅額為年應納稅額除以12，再乘以納稅月數。