專項扣除如果填加班也可以扣。扣繳義務人根據員工提交的專項附加扣除信息，按月計算應代扣代繳的稅款，並與稅務機關辦理所有員工的全額納稅申報。員工未及時報送的，也可以在次月補報，由扣繳義務人在當年剩余月份發放工資時補扣，不影響員工專項附加扣除。根據我國法律的有關規定，居民個人取得綜合所得時，按年計算個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次扣繳預繳稅款；需要結算的，應當在次年3月1日至6月30日內結算。代扣代繳辦法由國務院稅務主管部門制定。
法律依據
《中華人民共和國個人所得稅法》第十壹條* * *居民個人取得綜合所得，按年計算繳納個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次扣繳預繳稅款；需要結算的，應當在次年3月1日至6月30日內結算。代扣代繳辦法由國務院稅務主管部門制定。居民個人向扣繳義務人提供專項附加扣除信息的，扣繳義務人在按月扣繳時，應當按照規定扣除已扣繳的稅款，不得拒絕。非居民個人有工資薪金所得、勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次代扣代繳稅款，不進行匯算清繳。
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