個稅申訴的話，稅務局會介入並處理，對個人所在企業進行通知，告訴該企業配合調查，讓該企業提供員工的社保，工資計提，申報等相關資料，如果稅務局的調查結果顯示企業申報的個人收入無誤，就會終止調查。如果是企業申報的收入有誤，比如多申報，虛假申報等，該企業就需要對滯納金和企業所得稅進行補交。
個稅補稅原因？
1.用戶任職單位超過兩個，在兩個單位都領工資，那麽基本上減除費用會重復扣除，這個時候就需要補稅。
2.有除了工資之外的勞動報酬。意思是有自己的兼職或者其他收入來源。這種情況就會導致用戶的綜合年稅率會比預扣率高。
3.在對收款人進行預扣預繳的時候繼續扣除了不應當進行扣除的項目，導致需要進行補稅。
4.納稅人拿到了全部的應得金額之後沒有進行申報收入，也就沒有扣除預稅，這個時候用戶需要補充申報等。