“三證合壹”的運行方式，即在不改變工商行政管理、質量技術監督、國稅、地稅等部門審批職能，不改變原有證號編碼規則的前提下，實行“三證”齊發、壹次性辦理模式，即壹次咨詢，壹次報送，壹次發放。上述部門在規定的時限內完成並聯審批後，將營業執照、組織機構代碼證、稅務登記證壹次由“三證合壹”綜合服務窗口人員發放給申請人，從而實現“壹表申請”、“壹窗受理”。