會涉及到印花稅，以及個人所得稅（扣繳義務人），如果學校有房屋出租等收入，還會涉及到增值稅、房產稅和企業所得稅等。
《財政部、國家稅務總局關於加強教育勞務營業稅征收管理有關問題的通知》明確規定，各類學校（包括全部收入為免稅收入的學校）均應按照《稅收征管法》的有關規定辦理稅務登記，按期進行納稅申報並按規定使用發票。
如果學校未按期辦理稅務登記，根據《稅收征管法》第60條，由稅務機關責令限期改正，並可以處二千元以下的罰款；情節嚴重的，處二千元以上壹萬元以下的罰款。
公辦學校稅務介紹：
學校因為稅務問題被處以罰款，說明學校的依法治校工作存在疏漏。如果學校參評依法治校示範校，將會受到直接影響。在吉林省公布的《吉林省依法治校“示範校”復查標準》中，便將學校“是否遵守稅收法律法規和相關政策及制度”作為壹項明確的指標。
根據稅收法律，即使是免稅或是零稅額，也應按時進行納稅申報。《稅收征管法》第62條規定，納稅人未按照規定的期限辦理納稅申報和報送納稅資料的，或者扣繳義務人未按照規定的期限向稅務機關報送代扣代繳。