公司代收代付的維修基金專項票證認證不可抵扣的原因可能有幾個:不符合抵扣條件:根據稅法規定，企業所得稅抵扣需要滿足壹定的條件，包括合規性、真實性、合理性。維修基金專用票證證明不符合稅法規定的扣除條件的，企業不能作為扣除項目。
1.申報錯誤或缺少必要證明:申報過程中出現錯誤或缺少必要證明的，稅務機關可不予承認維修基金專用票的抵扣資格。
2.其他限制或規定:根據當地稅務機關的具體規定，可能存在其他限制或規定，導致維修基金專用票無法認證抵扣。
3.不可抵扣:稅法規定了可抵扣項目的範圍，如購買固定資產、購買生產經營所需的商品和勞務等。維修基金專用票不是抵扣項目的，企業不能作為抵扣項目。
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