納稅人、扣繳義務人和其他單位或者個人違反發票管理法規，不繳、少繳或者騙取稅款的，由國家稅務機關沒收違法所得，並依法處罰。情節嚴重的，由單位或個人承擔刑事責任。？
如果9月份單位的憑證中仍有假發票，建議剔除假發票，不入賬。總之，貴公司使用假發票的金額巨大，貴公司肯定會受到處罰。
擴展數據:
虛開刑法第二百零五條規定以外的發票，有下列情形之壹的，應予立案追訴:
(壹)虛開發票100張以上或者虛開發票金額累計40萬元以上的；
(二)雖未達到上述數額標準，但五年內兩次以上因虛開發票受到行政處罰，且虛開發票的；
(三)其他情節嚴重的。
懲罰
《中華人民共和國刑法修正案(八)》第三十三條:《刑法》第二百零五條後增加壹條，作為第二百零五條之壹:“虛開本法第二百零五條規定以外的發票，情節嚴重的，處二年以下有期徒刑、拘役或者管制，並處罰金；情節特別嚴重的，處二年以上七年以下有期徒刑，並處罰金。
單位犯前款罪的，對單位判處罰金，並對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依照前款的規定處罰？
百度百科-虛開發票罪