如果公司是增值稅納稅人，則需要納稅，因為庫存商品的進項稅已被扣除。提供的文件僅由企業從壹般納稅人取消為小規模納稅人，而不是整個企業取消。根據《財政部國家稅務總局關於增值稅若幹政策的通知》（財稅2005〕165）第六條規定，壹般納稅人在指導期間取消或取消壹般納稅人資格，轉為小規模納稅人時，其庫存不轉移進項稅額，其留存稅額不予退稅。因此，壹般納稅人取消，庫存未實現銷售不需要繳納增值稅。壹般納稅人企業申請註銷稅務登記，如果企業銷售稅大於進項稅，並按照註銷企業增值稅的相關政策，企業有庫存余額，庫存余額部分應按庫存適用稅率計算扣除稅，因為庫存購買進項稅已扣除，減少當前應納稅額，由於庫存已退出企業業務活動，因此應調整提前扣除的進項稅。
法律客觀：《財政部國家稅務總局關於增值稅若幹政策的通知》（財稅〔2005〕165號）壹般納稅人註銷時存貨及留抵稅額處理問題：壹般納稅人註銷或被取消輔導期壹般納稅人資格，轉為小規模納稅人時，其存貨不作進項稅額轉出處理，其留抵稅額也不予以退稅。