特殊情況下，公司用個人賬戶給員工發工資，只要據實申報，符合財務流程，並不違法。
如果公司用個人賬戶給員工發工資來避稅，是違法的，是偷稅漏稅。
根據國家規定，基本存款賬戶只能將以下資金轉入私人賬戶:企業職工工資/獎金/勞動所得、個人債權和財產權利轉讓、證券期貨個人保證金、保險理賠款退還及其他個人合法資金。超過5萬的，應向銀行提供相關證明。如獲獎證明、勞動合同、證券期貨公司證明、轉讓協議、保險公司證明等證明材料。
法律依據
《中華人民共和國勞動合同法》(2012修訂)第五十條勞動合同解除或者終止後，雙方義務用人單位應當在解除或者終止時出具解除或者終止勞動合同的證明，並在15日內為勞動者辦理檔案和社會保險關系轉移手續。勞動者應當按照雙方約定辦理工作交接。用人單位依照本法有關規定應當向勞動者支付經濟補償的，應當在完成工作交接時支付。用人單位應當將解除或者終止的勞動合同文本至少保存兩年備查。
《人民幣銀行結算賬戶管理辦法》(中國人民銀行令[2003]第5號)規定，嚴查企業基本賬戶和臨時賬戶的開立、變更和撤銷，加強企業銀行賬戶管理。