1、稅務清繳問題，股權轉讓事項中，稅務清繳是非常重要的壹步。如果因為新老股東變更時間、清繳稅款、繳費憑證等問題導致稅務清繳未完成，就有可能導致稅務審核不通過。
2、審核所提供資料不齊全，稅務審核對於申報的資料非常重視，如果資料不完整，存在漏洞，則有可能為審核不通過的原因。
3、價格問題，股權轉讓時，涉及到的交易價格是否合理、是否存在隱形利益等問題，如果價格存在疑點，則有可能導致稅務審核不通過。