中央成立了由中央紀委、監察部、財政部、審計署牽頭的治理“小金庫”領導小組。其成員包括中央組織部、中央宣傳部、公安部、中國人民銀行、中華人民共和國國家稅務總局和中國銀行業監督管理委員會。領導小組主要負責指導和協調全國“小金庫”治理工作，研究制定相關政策法規和治理措施，協調解決相關重要問題。領導小組辦公室設在財政部，負責“小金庫”管理的日常組織協調工作。(見附件1)
各地各部門要成立由分管領導牽頭、相關部門負責人參加的專項治理領導機構，並設立日常工作機構。各省(自治區、直轄市)、中央和國家機關各部門“小金庫”治理領導機構及其設立的日常工作機構應於2009年5月10前報中央治理“小金庫”工作領導小組辦公室。