分局內設5個行政機構，分別是綜合科、人事監察科、稅政科、征收管理科(與稅政科合署辦公)和辦稅服務廳，辦稅服務廳下設四個征收點，分別是的新市征收點（廣州市白雲區機場路888號12號樓）、黃埔征收點（廣州市黃埔區茅崗路989號）、芳村征收點（廣州市荔灣區芳村龍溪大道293號）、天河征收點（廣州市黃埔大道西668號）。