承擔本系統信息化建設的技術服務、技術支持和技術保障；承擔稅收管理信息系統的運行和維護；組織系統技術基礎設施的管理和運行維護；參與制定稅收管理信息化建設規劃和實施計劃，參與稅收管理信息化建設項目立項、技術標準、業務需求、資金使用等工作；組織本系統的信息安全管理和實施。
(2)政府機關服務中心
承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，負責機關安全保衛工作，制定機關具體工作制度，組織實施和監督檢查；參與機構後勤系統的改革；指導本系統的物流服務。
(3)稅務科學研究所
制定並組織實施本系統的稅收研究工作計劃和方案；承擔稅收基礎理論、應用理論和專題研究工作；收集和整理稅務信息；編輯內部稅務期刊和地方稅務記錄。
(4)票務中心
負責普通發票、增值稅專用發票和車輛購置稅完稅證明的日常事務管理和入庫調撥；指導和協調基層票證管理部門的相關業務工作。
(5)註冊稅務師管理中心
組織實施註冊稅務師行業管理政策和制度，承擔行業資格、資格考試、考試和培訓工作；監督檢查行業的執業情況。