國家稅務局設置三級機構，即國家稅務局機關，區、縣（地區）國家稅務局、派出機構。
部分省市的國家稅務局為全職能局，派出機構按管轄5個以上鄉鎮（街道）的設置為稅務分局，為副科級；管轄4個及以下鄉鎮的設置為稅務所，為正股級。