南京市鼓樓區國家稅務局位於鼓樓區中山北路281號，前身為南京市國家稅務局鼓樓分局，1994年11月國地稅機構分設時成立，2005年9月機構調整時改為現稱。區局設有辦公室、人事教育監察科、政策法規科、收入核算科、納稅服務科、稅源管理六科6個行政科室，稅源管理壹科、二科、三科、四科、五科，5個稅源管理科。
負責流轉稅、所得稅等稅種的稅政業務。管理增值稅專用發票。負責金稅工程流轉稅業務的管理、推廣應用及認證報稅、數據采集、稽核管理工作。負責增值稅等稅種的日常稽核和日常管理性檢查工作。承辦重大稅收案件的審理和行政處罰、聽證工作。負責稅務行政訴訟和行政復議等事項，負責稅收協定執行、反避稅實施、外國居民稅收監管、情報交換、國際稅務管理合作等。負責涉稅法律事務，負責組織對稅收法律、法規執行情況進行日常管理性監督檢查。負責對出口企業退免稅申報的審核和確認，組織落實本地出口貨源征稅情況並負責對外復函，負責本地出口貨物專用繳款書及分割單開具的檢查及指導工作。承擔稅種風險分析、出口退稅風險分析、大企業稅收風險分析，承辦領導交辦的其它工作。