納稅服務司設綜合處、制度處、稅法宣傳處、辦稅服務處、納稅人權益保護處。
納稅服務司是國家稅務總局主管納稅服務工作的綜合職能部門。主要職責是：組織實施納稅服務體系建設；擬訂納稅服務工作規範和操作規程；組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施稅收信用體系建設；指導稅收爭議的調解；起草註冊稅務師管理政策，並監督實施。