稅收科學研究所的主要職能是：
(壹)根據社會主義市場經濟的客觀要求，制定理論研究規劃，進行稅收理論和優化稅制的目標、框架的研究。
(二)根據國家宏觀經濟政策和社會經濟結構的變化，開展中長期稅收政策研究。
(三)研究國外稅制和稅收理論，及時反映國外稅收動態，開展稅收研究的國際交流與合作。
(四)中國稅史研究與史料的收集管理。
(五)收集、整理、翻譯並及時提供稅收信息資料，逐步建立全國稅收科研資料中心。
(六)管理本局圖書館和閱覽室。
(七)組織、指導、協調全國稅務系統的科研工作。
(八)參加有關部門課題研究。
(九)參與中國稅務學會、中國稅務咨詢協會、中國國際稅收研究會開展的學術交流活動。
(十)完成總局領導交辦的其他任務。