根據稅務黨校、進修學院和國際稅務培訓中心“三塊牌子，壹套機構”的體制，目前學校內設機構為： 行政管理部門二個，分別是辦公室（院長辦公室、財務處合署辦公）、人力資源部（組織人事處、黨委辦公室、紀檢監察辦公室合署辦公）。 教學管理與教學輔助部門四個，分別是教務處（繼續教育處）；學員工作處；科研中心，下設圖書館、校刊編輯部；信息管理處，下設信息網絡科（中心）、網絡培訓科（中心）、電教管理科（中心）。 教學研究部門三個，分別是教研壹部，下設稅收管理教研室、稅務稽查教研室、涉稅法律教研室、稅收理論教研中心、涉稅會計教研中心；教研二部，下設政治學教研室(反腐倡廉教研室)、管理學教研室、拓展訓練教研室；教研三部，下設外文翻譯教研室。 後勤保障部門壹個，後勤處（後勤處與後勤服務中心合署辦公），內設采購中心，副處級建制。