國稅和地稅已經合並，註銷稅務登記證的流程是申請人向稅務機關提交《納稅清算申請表》、《納稅清算登記表》、《註銷稅務登記申請審批表》、稅務登記代碼章等資料，稅務機關審核通過的，予以註銷，並發放清稅證明。
法律客觀：《中華人民***和國市場主體登記管理條例實施細則》第四十六條
申請辦理註銷登記，應當提交下列材料：
（壹）申請書；
（二）依法作出解散、註銷的決議或者決定，或者被行政機關吊銷營業執照、責令關閉、撤銷的文件；
（三）清算報告、負責清理債權債務的文件或者清理債務完結的證明；
（四）稅務部門出具的清稅證明。
除前款規定外，人民法院指定清算人、破產管理人進行清算的，應當提交人民法院指定證明；合夥企業分支機構申請註銷登記，還應當提交全體合夥人簽署的註銷分支機構決定書。
個體工商戶申請註銷登記的，無需提交第二項、第三項材料；因合並、分立而申請市場主體註銷登記的，無需提交第三項材料。