職責不同：海關的主要職責是監管進出口貨物，征收關稅和其他稅費，查處走私行為等。而海事局的主要職責是根據法律法規的授權，負責水上交通安全監督管理、船舶及相關水上設施檢驗和登記、防止船舶汙染和航海保障等行政管理和執法職責。
行政範圍不同：海關是國家設在口岸的行政機關，負責管理進出口貨物、物品等，監管貨物的進出口、運輸、儲存等全過程。而海事局主要負責水上交通安全監督管理、船舶檢驗和登記、防止船舶汙染等。