海南省國家稅務局內設13個內設機構，級別為正處級，分別是：
辦公室、政策法規處、貨物和勞務稅處（進出口稅收管理處）、所得稅處、收入規劃核算處、納稅服務處、征管科技發展處、財務管理處、督察內審處、人事處、巡視工作辦公室、監察室、大企業和國際稅務管理處。機關黨委辦公室（思想政治工作辦公室）、離退休幹部處。 海南省國家稅務局所屬機構20個，分別為： 海口市國家稅務局 三亞市國家稅務局 三沙市國家稅務局 洋浦經濟開發區國家稅務局 五指山市國家稅務局 瓊海市國家稅務局 儋州市國家稅務局 文昌市國家稅務局 萬寧市國家稅務局 東方市國家稅務局 定安縣國家稅務局 屯昌縣國家稅務局 澄邁縣國家稅務局 臨高縣國家稅務局 白沙黎族自治縣國家稅務局 昌江黎族自治縣國家稅務局 樂東黎族自治縣國家稅務局 陵水黎族自治縣國家稅務局 保亭黎族苗族自治縣國家稅務局 瓊中黎族苗族自治縣國家稅務局