航空運輸電子客票行程單抵扣進項稅的具體操作如下：
1、收集公司員工的電子客票行程單，註意必須登記員工的姓名和身份證號；全程在國內的才能抵扣進項稅。
2、登記Excel臺賬，信息要詳細、便於查看。電子客票行程單的可抵扣進項稅額的計算公式：電子客票行程單可抵扣進項稅（票價燃油附加費）（19%）9%。
3、如果行程單金額全額計入差旅費，則做調整憑證：借：應交稅金-進項稅，貸：銷售（管理）費用-差旅費（紅字）。
4、下月初申報增值稅，先登錄電子稅務局。
5、進入申報增值稅界面。在附表二填入可抵扣的進項稅金額，這筆金額會自動匯總到當月可抵扣金額，然後按軟件的要求申報。
航空運輸電子客票行程單抵扣作用
1、減輕企業負擔：根據我國財政部、稅務總局、海關總署關於深化增值稅改革的相關政策，企業購進國內旅客運輸服務，其進項稅額允許從銷項稅額中抵扣。通過抵扣航空運輸電子客票行程單上的進項稅，企業可以降低稅收負擔，提高競爭力。
2、促進合規經營：航空運輸電子客票行程單作為稅務機關發票管理的壹部分，有助於企業加強對各項稅收政策的遵守，規範稅收行為。
3、簡化報銷流程：電子客票行程單可以直接顯示稅額，財務人員可以根據行程單上的信息直接進行抵扣操作，無需再進行復雜的計算，從而簡化報銷流程，提高工作效率。