匯總清卡常規流程:第壹步:月初進入計費軟件，點擊匯總處理-匯總上傳。(如果網絡正常，月初登錄計費軟件會自動進行匯總上傳)；第二步:到電子稅務局完成增值稅申報。(如果是季報企業，只需要在6月1、4月、7月、6月10做這壹步)；第三步:再次進入計費軟件，點擊匯總處理-遠程清卡。
如果先進行申報，再進入開票軟件點擊“匯總上傳”，最終會導致清卡失敗。可以去四川省電子稅務局網站進行更正申報(我要做稅務-納稅申報繳納-更正申報-查詢-更正)，然後進入開票軟件做遠程清卡。