根據國務院、國家稅務總局的統壹部署，1994年8月，原合肥市稅務局分設為安徽省合肥市國家稅務局和合肥市地方稅務局兩套稅務機構，其中合肥市國家稅務局系統實行垂直管理體制。2006年，市局機關和所有縣、區局均被評為市級文明單位。2007年，市局機關和7個縣、區局被評為“安徽省第八屆文明單位”，占合肥市省級文明單位總數的十分之壹。