合夥企業轉讓股權，扣除原投入合夥企業的資本和股權轉讓前經營所得應得利潤後的余額，按20%的稅率征收個人所得稅。《中華人民共和國國家稅務總局關於加強高收入者個人所得稅征收管理的通知》(國稅發[2011]50號)規定，個人獨資企業、合夥企業買賣股權(票)、期貨、基金、債券、外匯、貴金屬、資源開采權等投資品取得的所得，應當全部計入生產經營所得，依法征收個人所得稅。
《財政部國家稅務總局關於印發的通知》(財稅[2000]91號)規定:第四條。
個人獨資企業和合夥企業(以下簡稱企業)每壹納稅年度的收入總額，減除成本、費用和損失後的余額，作為投資者個人生產經營所得。根據《個人所得稅法》中個體工商戶生產經營所得的應稅項目，適用5% ~ 35%的五級超額累進稅率計算征收個人所得稅。
法律依據
財政部國家稅務總局關於合夥企業合夥人所得稅的通知
第二條合夥企業以每個合夥人為納稅人。合夥企業的合夥人是自然人的，應當繳納個人所得稅；合夥人是法人或者其他組織的，應當繳納企業所得稅。
第三條合夥企業的生產經營所得和其他所得，應當先分割後納稅。這與《合夥企業法》關於所得稅由合夥人分別繳納的規定相壹致，合夥企業以每個合夥人為納稅人。