1、意義不同，自主提取指繳費個人自主選擇繳費檔次、繳費屬期，沒有固定性。核定流水號提取指輸入各地醫療保險費個人申報核定表上的，稅務征集單號來確定身份，進行固定繳費。
2、性質不同，自主提取具有隨機性，任何時候都可以提取。而核定流水號提取屬於固定性，必須在固定時間進行。