1、完全未使用的增值稅發票由發票管理員保管，且必須鎖入保險櫃內。
2、開具的存根聯應當按順序裝訂，每50份裝訂壹本（具體多少份要根據公司的規定而定),在每本前打印開具匯總表，加蓋封面後裝訂成冊，編號後在壹定時間段後存檔。按照規定，壹般納稅人必須將經稅務機關認證相符、用於抵扣進項稅額的增值稅專用發票作為記賬憑證進入賬務處理，不得擅自退還給銷售方，並按規定將稅款抵扣聯裝訂成冊，進行妥善保管，保管期限為5年，保存期滿後報經主管國稅機關查驗之後銷毀。