（1）稽查局
負責組織、指導、協調和監督本系統的稅收檢查工作；組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；承擔金稅工程發票協查工作；牽頭組織稅收專項檢查工作。
（2）車輛購置稅征收管理分局
組織落實車輛購置稅征收管理規章制度及規範性文件；承擔車輛購置稅的稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務等工作；承擔車輛稅收壹體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理車輛購置稅票證。
（3）直屬稅務分局(開發區分局)
負責對湖州經濟技術開發區內的納稅人及市直系統企業、事業單位納稅人的專業管理工作。承擔所轄納稅戶的納稅申報核實、稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務及稅款催報催繳、壹般性違規違章行為處理等工作。