實行“統壹計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調劑”的辦法，在不違反企業所得稅制度的前提下，有效解決企業所得稅制度下的跨省轉移稅源問題，通過分稅制管理總公司和跨省分支機構的所得稅。分支機構的損益不再是稅法意義上的損益，只有企業總機構依據所得稅的有關規定。稅法意義上的應納稅所得額是統壹計算的利潤或損失，包括企業所屬的不具有法人資格的營業機構和場所。
《跨地區合並納稅人企業所得稅征收管理暫行辦法》(國稅發〔2008〕28號)第十七條明確規定:“總機構和分支機構未按獨立納稅人2007年度和以前年度繳納的所得稅彌補的虧損，允許在法定剩余年限內繼續彌補”。
上述第17條中可彌補的以前年度虧損，應是分支機構根據獨立納稅人繳納的所得稅在2007年及以前年度未彌補的虧損，在實務中應是稅務機構及其他鑒證機構的鑒證報告已認定的虧損。
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