惠州市國家稅務局設置13個內設機構，級別為正科級。 承擔對大型企業提供納稅服務工作；承擔對大型企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查工作；承辦匯總（合並）納稅企業稅收日常檢查的有關工作。
承擔有關稅收法律法規和國家（地區）間稅收協議、協定（安排）的具體執行工作；組織實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題；管理機關和系統外事工作；組織實施反避稅調查。 組織實施進出口貿易稅收管理工作，擬訂稅收管理具體實施辦法；承擔出口貨物退免稅的審核審批、年終清算工作；組織進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；配合有關部門開展反騙稅工作。
機關黨委辦公室 負責機關和直屬單位的黨群工作；承擔機關思想政治工作和精神文明建設；承擔入黨積極分子的教育培訓考察工作及發展黨員工作；組織實施本系統黨建和思想政治工作。
離退休幹部科 承擔機關離退休幹部的服務和管理工作，指導本系統離退休幹部工作。