獲取異常抵扣憑證時發生錯誤，可以聯系稅務部門處理的原因是：稅務部門負責管理和監督企業的稅務工作，包括審核和開具發票等業務。當企業獲取異常抵扣憑證時發生錯誤，可能是由於稅務部門在審核過程中出現疏忽或其他原因導致，因此可以聯系稅務部門處理。